Si l'auto-financement constitue la part la plus importante des investissements de recherche et développement des entreprises françaises (24 milliards d'euros sur les 33,7 dépensées globalement par les entreprises en 2012 en R&D), cette activité coûteuse et risquée nécessite souvent d'en passer par des sources de financement externe.

Le dispositif le plus connu est le Crédit d'impôt recherche, qui permet de déduire jusqu'à 30 % des montants investis en R&D des impôts de l'entreprise, les PME et jeunes entreprises innovantes bénéficiant de surcroît d'une restitution immédiate de ces sommes.

Parallèlement, les startups bénéficiant du statut de Jeune entreprise innovante, destiné aux jeunes PME  investissant dans la R&D, bénéficient d'allègements fiscaux en fonction des montants investis.

De son côté, Bpifrance propose plusieurs dispositifs d'aide au développement de l'innovation, sous forme de prêts à taux zéro, remboursables en cas de succès de la commercialisation du produit développé.

Pour sa part, le Conseil régional de Midi-Pyrénées propose le Contrat d'appui innovation, destiné à soutenir les efforts de R&D des entreprises régionales.

Les aides européennes et "capital-risqueurs"

L'Europe peut également verser des subsides, via divers programmes, dont Horizon 2020, listés sur le site Cordis. Ces aides généralistes peuvent être complétées par des fonds fournis via des investisseurs sectoriels, notamment dans l'aéronautique (par exemple Airbus Group Ventures) ou la santé, ainsi que dans les domaines scientifiques, via les outils de financement de l'Agence nationale de la recherche pour l'amorçage de projets ou les recherches collaboratives.

De même, les entreprises membres d'un pôle de compétitivité peuvent être financées par le Fonds unique interministériel, dans le cadre de projets collaboratifs labellisés par le pôle. Outre les grands investisseurs publics, l'entreprise peut faire financer tout ou partie de sa R&D via des fonds privés, notamment les capital-risqueurs, qui présentent d'autres atouts.

"Ils apportent aussi un réseau et du conseil", souligne Aymeric Dugray, directeur général de l'entreprise Antabio (voir interview ci-dessous). Mais, pour les jeunes entreprises, ces fonds sont difficiles à convaincre. Il est souvent préférable d'en passer par le "love money", le crowdfunding et les business angels. Reste, pour l'entrepreneur, à trouver les bonnes sources de financement pour son activité. Une aide externe, comme celles proposées par la CCI régionale ou Madeeli, peut accélérer le processus, à moins de disposer de l'expertise nécessaire en interne.